硅藻土的最常用用途是作为天然杀虫剂。由于是硅藻土有极细的尖锐錂角（显微镜才可见），只要附着在昆虫身上，就会穿破这些昆虫的躯体，导致动物脱水而死亡。而且不像其他化学杀虫药，昆虫可以逐渐产生抗体。对于这种粉，昆虫无法产生抵抗力。几乎可以杀死所有花园害虫，包括蚜虫、甲壳类、甲虫类等。它不容易伤害益虫蚯蚓，因为蚯蚓生长在土壤内。在室内，它可以非常有效的对付蟑螂、床虱、跳蚤、头虱、蚂蚁等。使用方法简单，如果使用范围不大，又或是要消灭的虫集中在一个范围，可以直接将粉撒在需要的地点，如房间的角落。如果使用范围较大，可以使用喷水灌喷洒。
